追記

Gitとの連携をちょっと検証してみました。
メニュー→[Edit]→[Project Settings]→[Editor]で Version ControlのModeを"Meta Files"、Asset Serializationを"Force Text"して、.gitignoreにUnityとMonodevelopの特定ファイルを外すといけました。.gitignoreに書いたファイルはgitignore.ioからゲットすると楽です